Die Fakultätskonferenz besteht aus allen der jeweiligen Fakultät zugeordneten Professor*innen, Dozent*innen sowie vier von der Hochschulvertretung entsendeten Studierenden der jeweiligen Fakultät. Der*die Vizerektor*in ist in der Funktion als Leiter*in des Zentrums für Wissenschaft und Forschung in die Fakultätskonferenzen einzubinden.
Die Aufgabe der Fakultätskonferenz sind u. a. die Diskussion und Erstellung von Vorschlägen zur Weiterentwicklung der Fakultät in Forschung. Außerdem hat sie das Recht zur Stellungnahme zu den für die Fakultät relevanten Entwicklungsvorhaben der Universität.
Die Aufgaben der Fakultätskonferenz sind in der Satzung der MUK geregelt.